概念
子午流注是中医圣贤发现的一种规律，中医认为人体中十二条经脉对应着每日的十二个时辰，由于时辰在变，因而不同的经脉中的气血在不同的时辰也有盛有衰。中医哲学主张天人合一，认为人是大自然的组成部分，人的生活习惯应该符合自然规律。把人的脏腑在十二个时辰中的兴衰联系起来看，环环相扣，十分有序。
血气应时而至为盛，血气过时而去为衰，逢时而开，过时为阖，泄则乘其盛，即经所谓刺实者刺其来。补者随其去，即经所谓刺虚者刺其去，刺其来迎而夺之，刺其去去随而济之，按照这个原则取穴，以取其更好的疗效，这就叫子午流注法。子午流注注重时间条件，以自然界周期现象，与人体气血周流的情况相配合的。在《灵枢·经脉》篇、《营气》篇，以及《难经·一难》、《二十三难》都有记载。
原理
有人以为开穴的原因是因为营气和卫气恰在同一点上相遇，这一点上的穴就开了，这是大谬。要知道营卫之气在人体各部无时不在无处不在的，内经说:“营卫之气一日夜分别运行都是五十周，周而复始，共行八百一十丈”而且每天如此，这样一算，岂不是每天营卫之气都有碰头的机会了么？再仔细一算它们碰头的机会在一天中有五十次之多；一天二十四小时，五十除于二十四得二，那就是营卫之气在同一点相遇有两次，如此说来，不是每天同一经穴要有两次开穴，而且天天都一样么这种理论如何站得住脚 其实他是把“开”字误解做“开放”的意思,以为经穴开放，所以治病有效，所以才有这种理论。其实开字是宣通的意思，就是经气在这时居于该穴，和该穴有关的身体各部病邪，都可藉针灸补泻的作用宣通气血（人身的疾病，归纳起来都是由气血偏胜偏衰和积滞不通所致，）所以开穴时取此穴治病，效果最好（内经中有守时待气之说,就是这个理论的根据）人体脏腑经脉，六十六个经穴(五行穴)都配合阴阳五行，“时”“日”天干也配合阴阳五行.因为人体是一个小天地，天地之气和人体之气是相应的，所以营卫之气在人体经脉中就有盛衰不同的时候，而五行又有生克的关系，相生,同气才能相应而合；相克，异气就不能相应而合。所以十二“经的天干”逢到“日的天干”相同时，同气相应，这条经上的穴，只要“穴的五行”和“时的五行”相应,经气旺盛,这穴就“开”了。但是为什么用天干而不用地支呢？因为天之气以阴阳五行生化万物，针灸治病完全是根据气化原理来的，所以前贤探究出经气与天气相应的道理，而发明了“子午流注”针法。
它是注重时间条件，以自然界周期现象，与人体气血周流的情况相配合的。在《灵枢·经脉》篇、《营气》篇，以及《难经·一难》、《二十三难》都有记载。《灵枢·九针十二原》篇、《本输》篇，记载井荥俞很详明，惟于井荥俞配属五行，仅有阴井木、阳井金，其余均无配属。《难经·六十四难》对井荥俞配属五行和十干运用，才有进一步的说明。《灵枢·卫气行》篇云：“岁有十二月，日有十二辰，子午为经，卯酉为纬”。《灵枢·五乱》篇说：“经脉十二者，以应十二月。十二月者，分为四时”。《灵枢·顺气一日分为四时》篇说“：以一日分为四时，朝则为春，日中为夏，日入为秋，夜半为冬”。《素问·八正神明论》说：“凡刺之法，必候日月星辰四时八正之气，气定乃刺之”。是谓“得天时而调之”。《甲乙经》说：“随日之长短，各以为纪，谨候气之所在而刺之是谓逢时。病在于阳分，必先候其气之加于阳分而刺之。病在于阴分，必先候其气之加于阴分而刺之。谨候其时，病可与期，失时反候，百病不除”。凡此皆与子午流注有密切之关系。南唐·何若愚着《流注指微赋》，将子午流注的应用和方法，作了概括的说明，元·窦汉卿着《标幽赋》，内有“一日取六十六穴之法方见开阖，论其五行五脏查时日之旺衰”，由此可见子午流注到了元代已经成为一种独特的针刺方法。它如明代的《针灸节要》、《医学入门》、《针灸大成》等书皆有论述。而《针灸大全》徐凤氏又推而广之着“子午流注逐日按时定穴歌诀”，学者多为习诵以便应用。可知子午流注法由来已久，是千百年来劳动人民所注重的一种高级的针灸疗法。
注解
子午流注者，谓刚柔相配，阴阳相合，气血循环，时穴开阖也。何以子午言之？曰：子时一刻，乃一阳之生；至午时一刻，乃一阴之生，故以子午分之而得乎中也。流者，往也。注者，住也。天干有十，经有十二：甲胆、乙肝、丙小肠、丁心、戊胃、已脾、庚大肠、辛肺、壬膀胱、癸肾，余两经，三焦、包络也。三焦乃阳气之父，包络乃阴血之母，此二经虽寄于壬癸，亦分派于十干，每经之中，有井、荥、俞、经、合，以配金、水、木、火、土，是故阴井木而阳井金，阴荥火而阳荥水，阴俞土而阳俞木，阴经金而阳经火，阴合水而阳合土。经中有返本还元者，乃十二经出入之门也。阳经有原，遇俞穴并过之，阴经无原，以俞穴即代之。是以甲出丘墟，乙太冲之例。又按《千金》云：六阴经亦有原穴，乙中都，丁通里，己公孙，辛列缺，癸水泉，包络内关是也。故阳日气先行，而血后随也。阴日血先行，而气后随也。得时为之开，失时为之阖，阳干注腑，甲、丙、戊、庚、壬而重见者气纳于三焦；阴干注脏，乙、丁、己、辛癸而重见者，血纳包络。如甲日甲戌时，以开胆井，至戊寅时正当胃俞，而又并过胆原，重见甲申时，气纳三焦，荥穴属水，甲属木，是以水生木，谓甲合还元化本。又如乙日乙酉时，以开肝井，至己丑时当脾之俞，并过肝原，重见乙未时，血纳包络荥穴属火，乙属木，是以木生火也。余仿此。俱以子午相生，阴阳相济也。阳日无阴时，阴日无阳时，故甲与己合，乙与庚合，丙与辛合，丁与壬合，戊与癸合也。何谓甲与己合？曰：中央戊己属土，畏东方甲乙之木所克，戊乃阳为兄，己属阴为妹，戊兄遂将己妹，嫁与木家，与甲为妻，庶得阴阳和合，而不相伤，所以甲与己合。余皆然。子午之法，尽于此矣。
定穴歌
甲日戌时胆窍阴，丙子时中前谷荥，戊寅陷谷阳明俞，返本丘墟木在寅，
庚辰经注阳溪穴，壬午膀胱委中寻，甲申时纳三焦水，荥合天干取液门。
乙日酉时肝大敦，丁亥时荥少府心，己丑太白太冲穴，辛卯经渠是肺经，
癸已肾宫阴谷合，乙未劳宫火穴荥。
丙日申时少泽当，戊戌内庭治胀康，庚子时在三间俞，本原腕骨可祛黄，
壬寅经火昆仑上，甲辰阳陵泉合长，丙午时受三焦木，中渚之中仔细详。
丁日未时心少冲，己酉大都脾土逢，辛亥太渊神门穴，癸丑复溜肾水通，
乙卯肝经曲泉合，丁已包络大陵中。
戊日午时历兑先，庚申荥穴二间迁，壬戌膀胱寻束骨，冲阳土穴必还原，
甲子胆经阳辅是，丙寅小海穴安然，戊辰气纳三焦脉，经穴支沟刺必痊。
己日巳时隐白始，辛未时中鱼际取，癸酉太溪太白原，乙亥中封内踝比，
丁丑时合少海心，己卯间使包络止。
庚日辰时商阳居，壬午膀胱通谷之，甲申临泣为俞木，合谷金原返本归，
丙戌小肠阳谷火，戊子时居三里宜，庚寅气纳三焦合，天井之中不用疑。
辛日卯时少商本，癸巳然谷何须忖，乙未太冲原太渊，丁酉心经灵道引，
己亥脾合阴陵泉，辛丑曲泽包络准。
壬日寅时起至阴，甲辰胆脉侠溪荥，丙午小肠后溪俞，返求京骨本原寻，
三焦寄有阳池穴，返本还原似嫡亲。戊申时注解溪胃，大肠庚戌曲池真，
壬子气纳三焦寄，井穴关冲一片金，关冲属金壬属水，子母相生恩义深。
癸日亥时井涌泉，乙丑行间穴必然，丁卯俞穴神门是，本寻肾水太溪原，
包络大陵原并过，己巳商丘内踝边，辛未肺经合尺泽，癸酉中冲包络连，
子午截时安定穴，留传后学莫忘言。
时健
中医哲学主张天人合一，认为人是大自然的组成部分，人的生活习惯应该符合自然规律。把人的脏腑在12个时辰中的兴衰联系起来看，环环相扣，十分有序：
子时 (23点至1点)，胆经最旺。
丑时 (1点至3点)，肝经最旺。
寅时 (3点至5点)，肺经最旺。
卯时 (5点至7点)，大肠经最旺。
辰时 (7点至9点)，胃经最旺。
巳时 (9点至11点)，脾经最旺。
午时 (11点至13点)，心经最旺。
未时 (13点至15点)，小肠经最旺。
申时 (15点至17点)，膀胱经最旺。
酉时 (17点至19点)，肾经最旺。
戌时 (19点至21点)，心包经最旺。
亥时 (21点至23点)，三焦经最旺。
简易歌诀：寅时气血注入肺， 卯时大肠辰时胃， 巳脾午心未小肠， 申属膀胱酉肾位， 戌时心包亥三焦， 子胆丑肝各定位。
发展
中医子午流注在我国历史悠久，其理论基础在两千多年前的中医经典《黄帝内经》中就已经奠定，在中华民族传统医学的宝库中，是最具有特色的宝贵理论。
子午是指时辰，流是流动，注是灌注，子午流注理论是把一天24小时分为十二个时辰，对应十二地支，与人体十二脏腑的气血运行及五腧穴的开合进行结合，在一日十二时辰之中人体气血首尾相衔的循环流注，盛衰开合有时间节奏、时相特性。子午流注抗癌疗法来源于这样的规律，因时、因病、因人、因地从而准确、有效的调整患者气血，调理脏腑气血阴阳，在特定的时间点进行杀灭癌细胞，恢复患者气血运行的正常时间规律，以达到治疗疾病的目的。